树种多样性可以促进森林生态系统的碳循环。森林生态系统是是全球碳循环非常重要的组成部分，天然林保护工程、退耕还林还草工程、防护林工程等，已经证明了人类有效干预能够提高陆地生态系统的固碳能力，从而帮助降低温室气体浓度、减缓全球变暖。与速生的人工纯林相比，混交林在前期需要花费的采种育苗时间更长，生长更慢，死亡率也相对较高。但多年以后，因种植多种树种的混交林而增加的碳库存将远远高于前者，收益更大，这也将更有助于我国森林生物多样性的管理和保护。此外，采用多树种的混交林有助于提高抵御病虫害等自然灾害的能力。